基督教在屏東的第一間教會是里港教會，昔稱「阿里港」。在宣教師李庥牧師(蘇格蘭人)的宣教報告中，曾無數次提到有關阿里港會友的聚會情形，也提到屏東市(阿猴城)的會友在這兒聚會聽道餘年後，希望能在阿猴城設立另一個聚會所。這是1871年1月31日的記載中描述的。由此可推知屏東教會最初的信徒，該源自於阿里港聽道的這群人，時間應該是在1869年至1870年之間。
這群居住在阿猴城的會友，不願在雨季涉水到阿里港聚會，所以積極尋覓房屋，準備在阿猴城設立禮拜堂。直到1871年李庥牧師同意在阿猴城街上陳姓人家的米店中(今之復興路)設立福音堂，此時，彭根正奉派回阿猴城從事開拓聖工，乃請彭根看顧禮拜堂，且兼傳道工作，依據此記載，彭根為阿猴城教會的首任傳道者。
此名叫彭根者（名醫彭清約，彭清靠之祖父）於民國前四十二年，偕子彭士藏來屏經營鹹魚行，因失敗後改業務農。彭根所僱之長工巡視園中生長情形，卻被鄰圍之園主誤認偷竊，因此發生糾紛甚而動武，鄰人心不甘，事後常生事端，並揚言控告。當時彭根因生意失敗，經濟困難，如與鄰人不睦、時常受恐嚇之時，聽說「吃番仔教，外國人之勢好靠」，於是父子二人，逢拜日天未亮，便步行到鳳山(鳳山長老教會)聽道做禮拜，漸漸鄰人報復之事冷淡，彭根父子不必提心吊膽、預防受羞辱，精神上大得安慰，因而熱心求道，信仰由淺入深，靈性大有進步，因而四處傳福音。
起先李庥牧師（英國母會所派）及黃清河河伯委託彭根在鳳山傳道，果然慕道者漸多。彭根由一個經商務農的人，變成主所重用的傳教者。後來回到屏東從事福音開拓聖工，起初參加者約有12、13人，後來人數逐漸增多，大家覺得租房子做禮拜很不方便，應自行設法建造。會友遂決定進行建堂事宜，先在媽祖廟前買下建築基地，由蘇仰華傳道負責籌備工作，全部經費預算二千元，其中「教士會」補助佔多數。至此這一段開拓期間，大概是主後一八六九至一八八○，也就是屏東設教之初期。
此後在上帝的看顧施恩之下，雖一再遇到試煉，但教勢日益復興。這段期間，會友約150名，並設小學（學生20名左右），並開辦主日學，當時學生約30名，至一八九九年之間，居住在萬丹方面的會友因交通不便，須步行或坐轎來屏禮拜，於是該地區會友另設教會，不久萬丹教會即自立。
至此之後在一九一○年教勢漸興旺，會友已漸至三百左右，聖殿不敷使用，且部份已朽壞，於是重建教堂。蒙神恩典信徒不斷增加，不得已再第二次改築禮拜堂，聖殿一再改築，且土地已無可利用，會友計議另覓適當地點，移轉禮拜堂並決定聘請牧師事宜。
一九一四年第一任牧師吳希榮(吳葛先生之次子)牧師就任後，便著手籌備新建禮拜堂，於是吳牧師家族奉獻楠仔樹腳約一千兩百坪之土地(仁愛路本教會)，並獻金錢，當時之教勢大振興，會員約有七百人，除積極建堂事宜並整頓小學，請張茂榮先生為教員。
正當建築籌備就緒動工之後，第一次世界大戰爆發，物價大為波動，原來之建築費不足，全體會員上自牧師長執，下至平信徒，無不為此是熱切祈禱，全力奉獻（以會友之土地抵押向銀行借款，婦人以自己貴重金飾獻作建堂用），至完工時共動用二萬八千元，此建築以英國教堂之設計圖1:1建造完成，聖殿建築面積七丈兩尺，闊四丈八尺，當時並沒有水泥，所以建築物皆用糯米混合糖漿所建造而成(此說法已由目前樹德科技大學古蹟維護學系鑑定此建築內有鋼筋水泥之結構，推測主樑結構接由鋼筋水泥搭建，由此推測教堂門面用磚頭包住鋼筋水泥柱)，屋頂則為大陸福州的福木為主樑搭建而成。因教堂內部寬大，當時也沒有音響設備，所以在講台下埋設六個大水缸以增加台上講道時的共鳴度，讓會友都能清楚聽到上帝的真理，教堂建築物至今85年之久，於民國十年建造完成。建築外觀為仿歌德式建築，正面尖形屋頂，似凱旋門般的三分式立面結構，由中央作對稱式的發展，塔樓高聳的斜屋頂，充滿著莊嚴神聖的意味。
原先之國小，因辦理的成就不理想，於一九二五年改組為全省首創的幼稚園。最初入圍之兒童約40名，這段時期本教會教勢亦頗興旺，會友總數約960名（含男女成人及小孩）。
此時蘇牧師年紀已老邁，而教會內事務繁忙，於是再聘請許有才傳道協助教會，二~三年後封立為牧師。這時蘇牧師年紀老邁，一再堅持提出辭職，會友不得已准其所請。一九四○年高雄中會將中林教會，編為本教會之支會，二年後成立高雄教區會，許牧師受推任教區長。
日據時代，教會大受逼迫，台灣同胞不但生活不自由連精神亦受統治，民國三十四年台灣改朝換代，許有才牧師志願向原住民同胞開拓福音道路並兼任山地國校校長。一九五三年委派本教會傳道高俊明先生往三地門主持傳教聖工，高牧師於離開本教會不久之後，即往東部玉山神學院任院長。
一九五○年盛大慶祝設教八十週年，決定於二年內完成分設教會之聖工。於一九五二年六月在民族路建築地基1078坪，命名為和平教會，聘許得謙先生為首任牧師。
住於隘寮之會友因路途遙遠，要求分設教會，於一九五九年建堂完成，定名為振興教會。一九五九年八月，和會決定買下林森路一段為聖殿，再度將居住於萬年溪以東方面一帶會友聚會於民和教會，設立民和教會，第一任傳教者潘明忠牧師。
和平教會分設公館教會，本會將座落在公館之日光塚預定地予以處理，將所得三分之一協助公館教會建堂經費，所餘三分之二則作林森路教會(民和教會)開設經費。民和教會再分設建豐教會。爾後1982年分出迦南教會，1994年分出的彌迦教會，其根也都是出於屏東教會這個老樹頭，分出前的參與、付出，屏東教會建立也有其不可抹煞的貢獻，就像那揮不走的愛，依然如故，感謝神的恩典，讓更多的人，在不同的地方見證神的愛，為上帝的福因國度努力。
一九八五年推行主日禮拜「滿堂運動」、小組祈禱會，同年12月第7任潘慶彰牧師就任。
一九八九年青年團契一分為二另設社會青年團契。設立兄弟團契。
一九九六年到二○○一年推行三福、小組長及家庭小組一連串的事工訓練，培養了福音工人。二○○二年處理牛車路基金發還給申請的會友，並推行「門徒訓練」儲備及傳福音人才、創設少年團契和社區宣教活動、長執停止輪休制，改為一任四年。於二○○六年二月十九日慶祝設教135週年。主後一八七一年二月十日設教至今137年。
屏東教會經歷了80週年、100週年、120週年、130週年、135週年的慶典，在宣教歷史的舞台上，無論人或事都有其不一樣的角色演出，歷任的牧師、長執都有宣教的理念。蘇育才牧師的自給、自傳、自養、使教會更加復興。許有才牧師山地福音工作的遠景，奠定了今天山地宣教的基礎。趙信忄恩牧師領人信主運動，建築教育館。邱宗凱牧師的明靈性造就。謝傾輝牧師的愛與關懷，並積極的推動滿堂運動。潘慶彰牧師行政組織。陳道雄牧師的三福事工、小組長的訓練、家庭小組的推展，一連串的事工訓練培育了福音工人。相信在宣教的歷史中，上帝將記念。
