本場前身為設立於民國58年之「澎湖縣藻類種苗培育中心」，當時以推廣澎湖縣紫菜養殖為目標，直至民國77年始正式成立「澎湖縣水產種苗繁殖場」，並於民國100年進行場區改建，興建「種苗生產暨海洋生態教育大樓」及周邊工程，大樓一樓為種苗生產區，二樓為參觀區，三樓為辦公室及景觀平台區，以進行各類海水魚、蝦、蟹、紫菜及九孔等貝類之繁養殖放流業務，期增進本縣水產資源並促進澎湖縣養殖漁業之發展。
澎湖縣水產種苗繁殖場綜理各項水產種苗孵化、培育及放流工作，目前進行中之種苗培育如下:
1. 魚苗培育:黃錫鯛、嘉鱲、黑鯛、青嘴龍占及橫帶石鯛等。
2. 貝類培育:九孔、瘤鮑螺、銀塔鐘螺、馬蹄鐘螺、夜光蠑螺、鳳螺等。
3. 蝦類培育:斑節蝦。
4. 蟹苗培育:遠海梭子蟹。
5. 大型經濟藻類:紫菜、菩提藻、鋸齒麒麟菜。
6. 其他:造礁珊瑚。
