臺大前身臺北帝大之時，曾規劃有植物園，其範圍約為今之傅園、一號館後方、女一舍、女五舍、研究生宿舍及國立編譯館、地質系一帶，而目前之植物系標本館即為當時植物園園長辦公所在位置，這也可解釋為何標本館舊大門面朝傅園。
植物園園長同時擔任當時的植物分類學講座教授，其下分為研究部門與工作部門，研究部門包含講師、助教、研究生等人員；工作部門則包含標本館本身的技師、技工等，負責標本之製作、典藏、上櫃、交換等工作，而其所收藏的分類圖書及資料更是當時標本館研究及典藏工作之動力，由於收藏豐富，所以當時也有標本館所屬圖書館館員之編制。工作部門另亦包含植物園經營管理之相關人力資源，其經營方向，推測可能是朝向規劃為研究性質之植物園，因為日人領台時期，標本館除了研究台灣的植物之外，由於當局的南進政策，東南亞及太平洋島嶼植物研究亦為其主要目標之一，若遇疑難珍貴之種類，即攜回種植，今東京大學及京都大學之植物學研究亦仍保有此一習慣，這也是前述屬於舊植物園之台大校地地區多見稀有樹種之原因，甚至部分植物種類名稱至今尚有爭議，及至今日臺大植物系標本館來自南洋之植物標本，仍是研究太平洋島嶼植物學者必需參考的重要依據。
國民政府之後，本來是植物園一部分的植物分類學講座被併入植物系，植物園的管理部門似乎消失了，而植物園的管理中心變成植物學系所屬的標本館，在高喊新科技及管理效率的90年代，相關圖書也被納入新總圖書館的諸多書海之中，少有人聞問，在邁入21世紀之際，這棟1929年之建物亦曾面臨被改為他用之危機，在主任及館長多方的奔走之下，已取得校方同意繼續為標本館所留用。
帝大時期植物園及其相關部門、分類學講座及研究部門、圖書部門之規劃，其實在歐洲較具傳統之研究機構都可見到類似的例子，在植物園中可看到古老的植物研究建物，由於歷史悠久，它已經變成一個大學或某一地區大家共同記憶的一部分，而 臺大植物系標本館它不只見證近百年來台灣政經文化的變遷，同時也深具重要的歷史意義。
